Отмечены представители следующих семейств двукрылых насекомых:
Insecta, Diptera:
Tipulidae - комары-долгоножки
Nymphomyiidae
Chironomidae - комары-звонцы
Limoniidae - комары-болотницы
Pediciidae
Trichoceridae - зимние комары
Keroplatidae
Simulidae - мошки
Ceratopogonidae - мокрецы
Culicidae - кровососущие комары
Bibionidae - комары-толстоножки
Pleciidae
Psychodidae
Xylophagidae
Coenomyiidae
Tabanidae - слепни
Xylomyidae
Acroceridae - мухи-шаровки
Stratiomyidae - мухи-львинки
Bombyliidae - мухи-жужжала
Asilidae - ктыри
Dolichopodidae - мухи-зеленушки
Lonchopteridae - мухи-острокрылки
Syrphidae - мухи-журчалки
Micropezidae - мухи-ходуленожки
Diopsidae - стебельчатоглазые мухи
Conopidae - мухи-большеголовки
Pallopteridae
Ulidiidae - мухи-лентокрылки
Platystomatidae - мухи-сигнальщицы
Tephritidae - мухи-пестрокрылки
Pyrgotidae
Dryomyzidae - мухи-дубровницы
Sciomyzidae - мухи-тенницы
Heleomyzidae
Ephydridae
Fanniidae
Muscidae - настоящие мухи
Calliphoridae - падальные мухи
Sarcophagidae - серые мясные мухи
Tachinidae - тахины, или ежемухи
Oestridae, Hypodermatidae, Hippoboscidae - оводы
Hippoboscidae - мухи-кровососки

В настоящее время с территории Большехехцирского заповедника известно 600 видов двукрылых насекомых.